Í vinnsluverkstæðinu skiptir heilsa og hreinsun frárennslisskurðar miklu máli. Ef það eru alvarleg vandamál eins og vatn, leki og óhreinindi, elur það oft bakteríur og myndar skaðvalda, sem veldur matarmengun og mörgum öryggisvandamálum. Ytri rottur og skordýr munu fara inn í framleiðsluverkstæðið í gegnum fráveituna og valda mengun, þannig að hönnun frárennslisskurðar og gólfrennslis verksmiðjunnar er mikilvægur þáttur í samsetningu verkstæðisins og frárennslisrörakerfisins.
Það eru líka ákveðnar kröfur um frárennsli matvælavinnslusvæða: grófgerð, klippingu, þrif og sótthreinsun vinnslutækja og matreiðslu þarf að þvo oft, jörð á auðveldlega blautum stöðum er auðvelt að þrífa, renna ekki og frárennsliskerfi þurfa sem á að setja upp (iðnaðargólfniðurföll, niðurföll, hlífðarplötur, skoðunarmunnar, gjalleinangrunarskóflur o.s.frv.). Jörð og rennur eru með frárennslishalla og frárennslisrennsli rennur frá háþrifasvæðinu til lághreinsunarsvæðisins. Úttak rennunnar ætti að vera úr ryðfríu stáli gjallskiljuskóflu eða síu með ljósopi minna en 10 mm. Í matvælaverksmiðjunni skólp sem inniheldur fitu, set meira fráveitu, en einnig íhuga olíu þéttingu, grænmeti lauf, set af völdum vandamál af leiðslum stíflu.